Thanks both of you for the pointers.<br>First to answer meik - the version of R was 2.10.0 and it's installed in usr/local/bin/R<br>The version of rkward is 0.5.2 and it's installed usr/bin/R -<br>So for installing R - I downloaded the latest version and first used <b>./configure --enable-R-shlib</b> to configure the package. And then used <b>make</b> to compile and then finally <b>make install</b> to install it. I got the instructions for this process from a R-ubuntu forum. The instructions also suggested that i should do <b>make clean </b>before installing the new version - but I did not do that.<br>
For installing RKWARD I used the options for the sourceforge wiki page( using cmake to install)<br>Right now the stage I am in is : I uninstalled the R and RKWARD using make uninstall. So I believe it's all clean and empty and I can start installing it the right way once I know the right way.<br>
The reason I want to build it from source is <br>a. I need to learn how to do this and it is giving me good kicks to do it<br>b. I have been suggested to build R from source to ensure that its performance is optimized for my system<br>
I have not deleted the package files manually - I uninstalled using synaptic. I did delete a folder called R manually - it was sitting on my home folder - and while installing Rkward I needed to create a similar name directory (R_LIBS_USER for cmake option) for the new version -so I deleted the one with the old version. Is that something i should not have done?<br>
<br>If you think it's a classic case of a monkey with a gun , I will not try installing it from the source and just use the precompiled package. But thanks for all the help so far.<br> <br><b> </b><br><br><div class="gmail_quote">

On Thu, Nov 5, 2009 at 2:59 PM, Prasenjit Kapat <span dir="ltr"><<a href="mailto:kapatp@gmail.com" target="_blank">kapatp@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

Gourab:<br>
<div><div></div><div><br>
On Thu, Nov 5, 2009 at 6:47 AM, Gourab <<a href="mailto:gourab@gmail.com" target="_blank">gourab@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Hi<br>
> I am a newbie in linux and R. I installed Kubuntu 9.10 on my laptop and<br>
> installed R(built from source) and then RKWARD following the instructions.<br>
> Now though the instruction is complete rkward cannot function because it has<br>
> an error related to the backend and it says :<br>
><br>
> There was a problem starting the R backend. The following error(s) occurred:<br>
><br>
> The 'rkward' R-library either could not be loaded at all, or not in the<br>
> correct version. This may lead to all sorts of errors, from single missing<br>
> features to complete failure to function. The most likely cause is that the<br>
> last installation did not place all files in the correct place. However, in<br>
> some cases, left-overs from a previous installation that was not cleanly<br>
> removed may be the cause.<br>
><br>
> You should quit RKWard, now, and fix your installation. For help with that,<br>
> see <a href="http://p.sf.net/rkward/compiling" target="_blank">http://p.sf.net/rkward/compiling</a>.<br>
><br>
> -There was a problem opening the files needed for communication with R. Most<br>
> likely this is due to an incorrect setting for the location of these files.<br>
> Check whether you have correctly configured the location of the log-files<br>
> (Settings->Configure Settings->Logfiles) and restart RKWard.<br>
><br>
> -An unspecified error occurred that is not yet handled by RKWard. Likely<br>
> RKWard will not function properly. Please check your setup.<br>
><br>
> I cannot figure out where I went wrong with compiling steps. I deleted all<br>
> the old R executable file that I had in my computer before installing the<br>
> new R from source. Can anyone help me in resolving the issue?<br>
<br>
<br>
</div></div>Once you have "cleaned up" the mess [*], try installing R from the<br>
instructions here:<br>
<a href="http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/" target="_blank">http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/</a><br>
<br>
Then try installing rkward from Meik's repository, see here:<br>
<a href="http://sourceforge.net/apps/mediawiki/rkward/index.php?title=Binaries_and_Build_Scripts#Unofficial_Ubuntu_repositories" target="_blank">http://sourceforge.net/apps/mediawiki/rkward/index.php?title=Binaries_and_Build_Scripts#Unofficial_Ubuntu_repositories</a><br>


<br>
(you should use the "rkward-cran" flavor described under "KDE4<br>
Version" subheading)<br>
<br>
<br>
* How you clean up depends on your response to Meik's earlier questions.<br>
<br>
--<br>
<font color="#888888">Prasenjit<br>
</font></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Gourab De<br>Department of Biostatistics,<br>Harvard University,<br>Cambridge, MA-02138<br>USA<br>