Hi,<br><br>I&#39;m working on a Google summer of code project (gsoc) to add animation features into libAvogadro, which provides the molecular viewer functionality of Kalzium.&nbsp; My mentor is Marcus Hanwell, who worked on libAvogadro as a gsoc project last summer.<br>


<br>As part of Kalzium as an educational tool, I think the ability to view molecules in motion is a powerful tool for providing insight into how biological functions
happen.<br><br>My idea is to provide users with the ability to try different techniques for motion generation of molecules (especially proteins) and be able to visualize them with Kalzium.&nbsp; The current best system I&#39;ve found for doing this is <a href="http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/" target="_blank">VMD</a>, developed at UIUC.<br>


<br>Below is a list of tasks I&#39;ve outlined for the project.&nbsp; I&#39;d love to get feedback on what features developers and users might find useful.&nbsp; <br><br>Thanks,<br>Naomi<br><br><br>
Tasks:<br>The main goals are
to implement task 1 (non-interactive motion) and task 3 (VCR-type
functionality). I plan to start on task 2 (interactive motion) only
when the functionalities of task 1 and task 3 are well tested and
stable.<br>
<br>
Task 1. non-interactive motion functionality. (This will involve using OBMol&#39;s support for multiple conformers.)<br>
<br>
(a) implement ability to implement their motion generator by extending classes in libAvogadro<br>
(b) using part a, provide a file-input way to animate a molecule by
reading in files with coordinates of different conformers and displaying<br>
(c) add support for some popular molecular simulation applications:
(examples rosetta, namd). Either use option (b), or some other. Options
for animation will differ on the type of simulation being done (Monte
Carlo, Molecular Dynamics).<br>
<br>
<br>
Task 2. interactive motion (i.e. a user can select an atom or residue and apply-force):<br>
<br>
(a) get user input for atom selection and vector for direction and magnitude<br>
(b) decide how to pass information back to motion simulator (need to
_gure out the best way to do this type of communication, based on what
was chosen for 1(a))<br>
(c) add support for popular interactive molecular dynamics applications
(ex namd). This should be one chosen from one support was added for
non-interactive simulation for 1(a).<br>
<br>
<br>
Task 3. VCR functionality<br>
<br>
(a) fast-forward, rewind, play-back<br>
(b) record to file to be played back in Kalzium<br>
(c) record to some type of movie file that can be played in an external player (.mov?)<br>
<br>